La historia del monjayaki se remonta a finales del periodo Edo (1603-1868) y al periodo Meiji (1868-1912), cuando el monjayaki se hizo popular como tentempié para los niños. Estos monjiyaki se servían en las tiendas de golosinas de la época y se podían disfrutar jugando a escribir caracteres. La sencilla masa, hecha de harina disuelta en agua y a la que se añadía azúcar y miso, se horneaba en una plancha. Como la masa se extendía sobre el teppan para dibujar letras, se llamaba «mojiyaki», que más tarde se convirtió en «monjayaki».

A principios del periodo Showa (1926-1989), el monjayaki se convirtió en un tentempié popular para el pueblo llano y se popularizó entre los niños en las dagashiya. En los dagashiya se utilizaban ingredientes fáciles y baratos en aquella época, y se añadían pequeñas cantidades de col, pescado seco y otros ingredientes. También se introdujeron salsas, que cambiaron el condimento y evolucionaron hacia algo más rico y sabroso.

Especialmente en el centro de Tokio, el monjayaki se desarrolló como una cultura gastronómica única. En la década de 1945, durante el periodo de reconstrucción de posguerra, el monjayaki empezó a servirse en dagashiya de zonas céntricas como Tsukishima, y el monjayaki pasó de ser un tentempié a una comida que también podían disfrutar los adultos. Durante este periodo, la col, los calamares, las gambas sakura y los huevos fritos se convirtieron en ingredientes comunes, y el monjayaki pasó de ser un plato casero a una especialidad de Tsukishima.

A finales del periodo Showa (1926-1989), el monjayaki empezó a llamar la atención como especialidad regional, lo que a su vez atrajo turistas a la zona. En la actualidad, Tsukishima se ha convertido en la meca del monjayaki, conocida como «Calle Monja», donde se sirve una gran variedad de monjayaki, preparados con diversos ingredientes, sabores y coberturas.