กล่าวกันว่าประวัติศาสตร์ของมอนจายากิมีต้นกำเนิดมาจาก “มอนจิยากิ” ซึ่งได้รับความนิยมเป็นอาหารว่างสำหรับเด็ก ๆ ตั้งแต่ปลายยุคเอโดะมาจนถึงยุคเมจิ ในสมัยนั้น เค้กรูปจดหมายเหล่านี้มักมีวางขายตามร้านขนม และสามารถเพลิดเพลินไปพร้อมกับการเล่นเกมการเขียนจดหมายได้ แป้งธรรมดาทำโดยการละลายแป้งในน้ำพร้อมน้ำตาลและมิโซะ แล้วนำไปปรุงบนจานร้อน มันถูกเรียกว่า “โมจิยากิ” (การย่างตัวอักษร) เนื่องจากการทาแป้งบนแผ่นร้อนและมีการวาดตัวอักษรลงไป และต่อมาก็ได้กลายมาเป็น “มอนจายากิ”
ในช่วงต้นยุคโชวะ มอนจายากิเริ่มได้รับการยอมรับให้เป็นอาหารว่างสำหรับคนทั่วไป และกลายเป็นที่นิยมในหมู่เด็กๆ ในร้านขนม ร้านขายขนมจะใช้วัตถุดิบที่หาได้ง่ายและราคาไม่แพงในสมัยนั้น และยังใส่กะหล่ำปลี อาหารแห้ง และส่วนผสมอื่นๆ ลงไปเล็กน้อย นอกจากนี้ยังมีการแนะนำซอสและมีรสชาติที่เปลี่ยนไปจนกลายเป็นสิ่งที่เข้มข้นและอร่อยยิ่งขึ้น
มอนจายากิพัฒนาจนกลายเป็นวัฒนธรรมอาหารอันเป็นเอกลักษณ์ โดยเฉพาะในย่านใจกลางเมืองโตเกียว ในช่วงทศวรรษที่ 1940 และ 1950 ในช่วงยุคฟื้นฟูหลังสงคราม มอนจายากิเริ่มได้รับการเสิร์ฟในร้านขนมในสึกิชิมะและย่านใจกลางเมืองอื่นๆ และเปลี่ยนจาก “ของว่าง” มาเป็น “มื้ออาหารที่ผู้ใหญ่ก็สามารถเพลิดเพลินได้เช่นกัน” ในช่วงเวลานี้ กะหล่ำปลี ปลาหมึก กุ้งซากุระ และเทมปุระทอดกลายมาเป็นวัตถุดิบทั่วไป และอาหารจานนี้ก็เติบโตจากรสชาติแบบทำเองที่บ้านจนกลายมาเป็นอาหารพิเศษของสึกิชิมะ
ในช่วงปลายยุคโชวะ มอนจายากิเริ่มได้รับความสนใจในฐานะอาหารพิเศษของท้องถิ่น และกลายเป็นจุดดึงดูดนักท่องเที่ยว ปัจจุบันสึกิชิมะได้กลายมาเป็นศูนย์กลางของมอนจายากิ จนได้รับฉายาว่า “ถนนมอนจา” และมีการเสิร์ฟมอนจายากิหลากหลายชนิด ซึ่งแต่ละชนิดก็มีส่วนผสม เครื่องปรุง และท็อปปิ้งที่แตกต่างกันไป
